La villa de São Paulo de Piratininga tuvo sus inicios el 25 de enero de 1554 con la construcción de un colegio jesuita, por los padres Manuel da Nóbrega y José de Anchieta, entre los ríos Anhangabaú y Tamanduateí. Tal colegio, que funcionaba en un barracón rústico, tenía por finalidad la catequesis de los pueblos indígenas que vivían en la región. El edificio aún existe, y se le conoce con el nombre de Pátio do Colégio. El poblamiento de la región comenzó en 1560, cuando Mem de Sá, gobernador general de la colonia, mandó a la población de la villa de Santo André da Borda do Campo hacia los alrededores del colegio, denominado "Colegio de São Paulo de Piratininga" - el nombre fue escogido porque el día 25 de enero la Iglesia Católicacelebra la conversión del apóstol Pablo de Tarso. De esta forma, la villa de Santo André da Borda do Campo queda extinta y São Paulo fue elevada a la categoría de villa.